药学系设系主任1人、党支部书记1人、副主任2人。下设综合办公室（5人，含主任1人）、药学教育教学部（11人，含主任1人）、中药学教育教学部（8人，含主任1人）、生产实训部（4人，含主任1人），学生科（5人，含科长1人）、团总支（书记1人），另外系党支部设有专职组织员1人（正科级）。

人员组成与内设机构具体情况见下图：